Efter ansættelser i Heidelberg og Weinheim kom han i 1993 til St. Nikolai kirken i Flensborg som kantor og organist.

Han er leder af Sankt Nikolai Koret og dets kammerkor Capella St. Nikolai.

Han er desuden distriktskantor i kirkekredsen Schleswig-Flensburg (Flensborg provsti)
og orgelsagkyndig inden for den protestantisk-lutherske kirke i Nordtyskland.

Som organist spiller Michael Mages koncerter i Tyskland, Østrig, Danmark, Frankrig og USA.

Sammen med danske kolleger grundlagde han i 2003 Orgelfestival Sønderjylland-Schleswig. En festival der har udviklet sig til en fast bestanddel af kulturlivet i Schleswig-Holstein og Sønderjylland.

Som Flensborgs bykantor har Michael Mages siden februar 2013 også været organist i St. Marie Kirken i Flensborg. I sit virke i begge traditionsrige kirker i den indre by hører også planlægningen og gennemførelsen af ”Flensburger Orgelsommer”